Met twee nieuwe databases met informatie over de talloze soorten micro-organismen die in het menselijk lichaam huizen, hopen Amerikaanse studiegroepen het onderzoek van het microbioom een flinke duw voorwaarts te geven. Het beschikbaar stellen van gegevens over genen, soorten en aantallen van de micro-organismen aan andere onderzoekers "brengt het microbioomonderzoek dichter bij het ziekenhuisbed", zegt een van de onderzoekers.

Door verbeterde, hoog-technologische onderzoekstechnieken wordt meer en meer bekend over de samenstelling van het menselijke microbioom. Maar er is nog altijd veel meer onbekend over welke soorten bacteriën in welke hoeveelheden voorkomen in de darmen en waarom dat varieert, per individu, tussen personen en in de tijd. Nog los van de vraag wat de invloed is op het lichaam van de gastheer of -vrouw. Feitelijk is er nog maar bitter weinig bekend over wat de rol van darmbacteriën voor onze gezondheid is en hoe dat precies werkt. Er wordt niet voor niets gesproken over de ‘dark matter’.

‘Baseline’
Zo volledig mogelijke kennis van het microbioom is noodzakelijk voordat er zinnig klinisch onderzoek gedaan kan worden dat beoogt het microbioom bij te sturen in de strijd tegen bepaalde ziekten of om behandelingen te ondersteunen. Dat stellen de auteurs van het researchverslag ‘Baseline human gut microbiota profile in healthy people and standard reporting template’ dat afgelopen week verscheen op PlosONE.

Zij geven met hun resultaten een praktisch en compleet overzicht van de micro-organismen in gezonde darmen. De database heet GutFeelingKB en is een lijst van 157 organismen (6 fyla, 18 klassen, 23 ordes, 38 families, 59 geslachten en 109 soorten) die samen de uitgangsreferentie (‘baseline’) van het gezonde menselijke darmmicrobioom vormen. Het overzicht kan daardoor in studies naar dysbioses (afwijkingen van het microbioom) als maatstaf dienen. De optelsom komt hoger uit dan 157 omdat er onderscheiden is naar rangorden van bacteriegroepen en daardoor een aantal organismen vaker geteld is.

Fecesmonsters
De gegevens voor de GutFeeling KnowledgeBase zijn verkregen uit genetisch onderzoek van 48 fecesmonsters van 16 gezonde vrijwilligers van de campus van het George Washington University Medical Center in Washington D.C. Maar ook zijn 50 exemplaren van als gezond geboekstaafde microbioomprofielen uit het Human Microbiome Project gebruikt. Het HMP is het grootste initiatief op het gebied van het in kaart brengen van het menselijke microbioom. Het is opgestart in 2007 en loopt nog altijd.

Het project van de George Washington University maakt een stap naar de behandelpraktijk met het tegelijk gepresenteerde FecalBiome Reporting Template. Dat is een hulpmiddel voor behandelaren, die gegevens van een patiënt, zoals een laboratoriumuitslag van een fecesmonster, kunnen invoeren in een systeem waarna die vergeleken worden met de GutFeelingKB database.

Standaardisering
Standaardisering en het werk van andere onderzoekers vergemakkelijken, zodat al het onderzoekswerk beter te vergelijken is, was ook een van de doelen van het Center for Microbiome Informatics and Therapeutics aan het Massachusetts Institute of Technology (MIT) in Cambridge, Massachusetts. Met hun ambitieuze studie ‘A comprehensive catalogue of human digestive tract bacteria’ zeggen ze alle soorten microbiologische organismen in het menselijke spijsverteringskanaal te beschrijven. Zowel wat betreft hun genetische opmaak als hun plaats in de stofwisseling. Hun database kreeg de naam BIO-ML en bevat 7758 afzonderlijke bacteriën.

Ook de MIT-onderzoekers verzamelden en onderzochten de ontlasting van vrijwilligers, 90 in totaal, allen woonachtig in de omgeving van Boston, over een periode van 2 jaar. Door die in het verloop van tijd herhaalde metingen konden zij ook zien hoe de samenstelling van het darmmicrobioom veranderde. Ze zagen hoe bepaalde soorten in aantal toe- en afnamen en sommige geheel verdwenen of compleet vervangen werden door andere soortgenoten.

Diversiteit
“Het ontdekken van de genetische en functionele diversiteit is fascinerend,” zegt MIT-onderzoeker Mathilde Poyet in Eurekalerts. “Overal waar we keken vonden we iets nieuws. Ik ben ervan overtuigd dat het verrijken van biobanken met een grote diversiteit van soorten van mensen met verschillende leefstijlen essentieel is voor de verbetering van het onderzoek naar het menselijk microbioom.”

Zowel de onderzoekers uit Washington als uit Cambridge gaan de gegevens van fecesmonsters van over de gehele wereld toevoegen aan hun databestanden.
Dit artikel afdrukken